بدأ قسم الجيولوجيا بكلية العلوم بجامعة أسوان عام 1975 وذلك مع انشاء كلية العلوم كفرع  لجامعة اسيوط. وبذلك  فهو يعتبر من اقدم الاقسام الدراسية بفرع جامعة أسيوط بأسوان، ثم قسما في كلية العلوم التابعة لجامعة جنوب الوادي بالقرار الجمهوري رقم (142) لسنة 1994 م بفصل فروع جامعة أسيوط بسوهاج وقنا وأسوان لتصبح جامعة جنوب الوادي. وصدر القرار الجمهوري رقم (311) بتاريخ 2012/6/11 م بإنشاء جامعة أسوان، يصبح قسم الجيولوجيا بكلية العلوم تابعا الى الجامعة ومقرها مدينة صحاري بأسوان.

بدأت الدراسة بالقسم في العام الجامعي 1976/1975 ومنحت أول درجة علمية (البكالوريوس) 1979 بينما بدأ القيد لدرجة الماجستير 1976 و التسجيل لدرجة الدكتوراه 1977 ثم بدأ القيد في الديبلومات التطبيقية 1984. وبذلك يعتبر قسم الجيولوجيا من أقدم الاقسام العلمية بكلية العلوم بجامعة أسوان. ومنذ ذلك الحين ويتم تطوير المقررات الدراسية وبرامج القسم  لمواكبة متطلبات سوق العمل ومواكبة الاتجاهات الحديثة في مجال علوم الارض .